30年前突然出现的未知“入侵性外来生物”，曾一度令世界濒临毁灭。人类与这种被称为“入侵种”的生物不断争夺生存空间。如今，人类的安全虽勉强得以保障，但世界随时都有可能走向灭亡。人们一边畏惧死亡与毁灭，一边像是在逃避危险与灾害般，继续过着日常生活。在这样的世界中，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了消除入侵种所引发的危机与灾害，正式展开行动。故事始于远东岛国“瑞穗”。生活在离岛上的少女久濑椎名，是一名负责清除入侵种的猎人。只希望与自己唯一的家人——妹妹刹那安静生活的椎名，究竟会遭遇怎样的事件——？
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