巴武蔵の犠牲と共に恐竜帝国は滅び、地上に平和が戻ったかに見えた。だが、この時を待っていたかのように新勢力百鬼帝国が科学要塞島を浮上させ侵略を開始した。「鬼」と呼ばれる亜人類で構成された百鬼帝国は30年前に成立した軍政国家で、ひそかに世界征服の機会をうかがっていたのだ。かねてより人類の新たな脅威の出現を危惧していた早乙女博士は新早乙女研究所と新ゲッターロボを開発。恐竜帝国との戦いに生き残った流竜馬と神隼人に加えて車弁慶を新パイロットに迎え、百鬼帝国から人類を守る戦いを展開する。