PlayStation2用の人気ゲームをアニメ化した剧场版「ペルソナ3」シリーズ第2作。私立月光馆学园に転入した结城理は、异形の怪物「シャドウ」の袭撃をきっかけに、シャドウに対抗できる特殊能力を持った「ペルソナ」の力が覚醒した。ペルソナ使いたちで构成された特別课外部活动に引き入れられ、当初は流されるままにシャドウとの戦いを重ねていた理だったが、次第に心境に変化が生まれ、仲间との绊も获得していく。やがて夏が访れ、日々に充実感さえ覚えるようになった理は、新たな试练に直面する。原作ゲームの人気キャラクターで、坂本真綾が声优を务めるアイギスが登场。