位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手(Imagine Breaker)”,而得到吊车尾的“无能力”的评价,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录(茵蒂克丝)”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中,他的人际关系也逐步扩展。随后,魔法侧的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到了上条的存在……。
就像是在呼应魔法侧一样,科学侧的学园都市也开始了行动。但是,为了与突然开始对立的世界变化相抗争,那些因为上条的关系,而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。
就像上条当麻做过的那样,他们也挺身而出与世界对峙。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!
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