原作第5巻に描かれているエピソードを、2021年1月からのTVアニメ第2期での放送に先がけて剧场上映する「『はたらく细胞!!』最强の敌、再び。体の中は“肠”大騒ぎ！」は2020年9月5日より全国の剧场で公开。 そこは人间の体の中――。 たくさんの细胞たちがはたらいている世界。 ある时、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保护した一般细胞と出会う。 乳酸菌を仲间のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般细胞は肠へと向かうことに。 だが、そこに待ち受けていたものは、望まざる最强の敌との再会だった。 「僕とキミたちのどちらが正义か、はっきりさせよう」 再び现れたがん细胞。そして悪玉菌により荒らされる肠内环境。 体内はかつてない大ピンチに!? 「やめるんだ、がん细胞──！」 この世界を守るため、白血球（好中球）たちは世界の命运をかけた大血戦に挑む！