21世纪中盘、温暖化に伴う海面上昇により、人类は地上での版図を大きく失った。 その混乱に呼応するかのように世界各地に现れた【雾の舰队】にすべての海域を封锁され、人类は疲弊の一途を辿っていた 。 横须贺・海洋総合学院の士官候补生・千早群像の前に现れた雾の舰队の潜水舰【イ401】。敌であるはずのイ401、そのメンタルモデル・イオナは群像に囁く。「千早群像、私に、乗って。」 闭塞した现状を打破するため、学院の同级生らと共にイ401に乗り込み、舰长として指挥を执る群像のもとに、日本政府高官である上阴龙二郎から极秘の依頼が届く。「人类の切り札を、アメリカに届けて欲しい」。日本が开発した対「雾」最终兵器・【振动弾头】のサンプルを、量产のために米军に届けるのだ。 上阴の依頼を受け、アメリカを目指すイ401の前に立ちはだかるのは、大戦舰コンゴウを旗舰とする雾の东洋方面第一巡航舰队。重巡洋舰タカオ、マヤ、大戦舰ハルナ、キリシマ―― 次々に袭いかかる雾の舰船との戦いの中、イオナは成长していく。人类と雾のメンタルモデル、それを隔てるものは何か。コンゴウとの壮絶な决戦を経て、サンディエゴに「人类の切り札」を届けた群像たちの次なる目的は？そして新たに立ちはだかる影は