前作の続編だが、下記の再編集劇場版の続きという位置付けのためストーリーは力石との対戦後から始まり、カーロス戦までは事実上のリメイクとなっている。ただし原作やアニメ前作にあった矢吹丈がドサ回りのボクサーになり、そこからはい上がるストーリーは省略されている。また原作にないオリジナルストーリーがふんだんに盛り込まれ、オリジナルキャラクター（須賀清など）も多数登場させている。原作が完結して何年もたってから整理しての制作なので、矛盾点もクリアされており、登場人物の心理表現も丁寧に描かれている。特に終盤のテレビ関東による世界バンタム級1位のレオン・スマイリーとのマッチメイクや、WBA王者カロルド・ゴメスとWBC王者ホセによる王座統一戦のくだりなどは、よりリアルにプロボクシングの世界を描きたいという意図[5]からの追加で、オリジナルの部分からは主に監督である出﨑統が「あしたのジョー」という作品世界をどう解釈しているか、がうかがえる。ほとんどの話数で絵コンテを担当しているさきまくらは出崎統の別名義である。なおサブタイトルには第4話と第33話を除く残りすべてに「…」が挿入されている。