不远的未来，一群变种的海洋生物与人类展开对抗，导致海平面上升，淹没了许多陆地。人类为了夺回赖以生存的土地，深入海洋寻找怪物巢穴，而“青之6号”就是人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇。 - 近未来。 地球の人口は膨れ上がり、環境は劣悪化するばかりであった。 世界各国は人類最後のフロンティア＝海に希望を求め、新たな世界を築こうとしていた。 そして、海上及び海中での安全保障や環境保護を目的として、世界各国から潜水艦を集結させ超国家組織「青」を結成した。 日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となり、任務に就くことに。 しかし、そんな折、海洋開発のリーダー的存在だった転載科学者ゾーンタイクが、突如反旗を翻し、海洋テロ結社を率いて人類殲滅を宣言、無差別テロを開始したのだ！ それに対抗すべく「青」は、究極の作戦を発動させ、人類の存亡を賭けた戦いへ挑むのだった……。 果たして、人類は人類殲滅を宣言したゾーンダイクの野望を阻止することができるのか？