人類は太古より、異形の存在との戦いを繰り広げていた。 その戦いの中で常に先頭に立っていたのは、 魔法力を持つ「ウィッチ」と呼ばれる10代の少女たち。 異形の存在の侵略から、故国を、人々を守るため、 魔法力を増大し飛行を可能とする新たな魔法の箒=「ストライカーユニット」を身にまとい、 ウィッチたちは、戦いに挑んでいた。 ―――そして、ときは1945年。 ガリア、ロマーニャを異形の存在「ネウロイ」の脅威から救った第501統合戦闘航空団、 通称「ストライクウィッチーズ」は、役目を終えて解散し、ウィッチたちは各地へと飛び立った。 メンバーのひとり、宮藤芳佳は、 ロマーニャでの戦いでウィッチとしての魔法力を失うも、 人々を救うため、故郷の扶桑で医者をめざして勉強に励んでいた。 その芳佳のもとに、ひとりのウィッチが訪れる。 ウィッチの名は、服部静夏。 扶桑海軍士官候補生の制服に身を包んだ服部は、 宮藤に欧州留学の辞令が下ったこと、その随行として同行することを伝えにきたのだ。 医学の最先端を誇る国で、新しい医学を学ぶことができる――― 目を輝かせる宮藤は、欧州留学を決意する。 ときを同じくして、欧州ではネウロイに不穏な動きが現れ始め、 各地のウィッチたちが警戒を強めていた。 横須賀から欧州への旅路につく、宮藤と服部。 はたして、その行く先には―――?