2005年日本的冲绳，被宫城乔治收作养女的高中生音无小夜，每天过着平静的日子。她唯一所缺少的是一年多以前的记忆，而平静的生活也因神秘的吸血智慧生物“翼手”的出现开始改变。
而哈吉则是一位身着黑色的衣服，演奏大提琴的谜样青年。当他将一把与小夜命运与共的武士刀交给少女小夜之时，历史的车轮终于开始滚动。
故事以小夜和翼手之间的战斗以及追寻小夜的身世之谜为主线，讲诉了小夜等人在世界各国的冒险经历，大致可分成冲绳篇（1话-7话、14、15话）、越南篇（8话-13话）、俄罗斯篇（16话-19话）、法国篇（20话-32话）、英国篇（33话-40话）和美国篇（41话-最终话）六个部分。
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