《翼·年代记》的故事中,首个世界是沙漠城市──玖楼国(TVB译:古罗国)。少年小狼多年前,跟随养父考古家藤隆来到这国家,希望发掘该国的翼形遗迹,以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人,包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪,但小狼碍于身分问题,一直不敢表白。藤隆辞世后,小狼继承父亲遗志,继续挖掘和研究工作。可是,在一次小樱及其兄长桃矢国王的探访中,遗迹突然发生异动,小樱的记忆化作了羽毛,飞散消失。神官雪兔一面照顾受了伤的国王桃矢,一面告诉小狼:小樱的记忆羽毛已经飞散到不同的次元世界里,要救回小樱,必须收集回小樱的羽毛。
于是,雪兔便把小狼送到“次元魔女”壹原侑子那里,要他向侑子询问救回小樱的办法。同一时间,要躲避阿修罗王的色雷斯国魔法师法伊,及被知世公主驱出日本国的武士黑钢,都来到侑子那里,希望得到穿越各次元的方法,以继续逃避或回到故地。
侑子遂把能带他们穿越不同次元的莫歌拿取出,但条件是要用他们最珍贵的东西,作“等价交换”。法伊为继续逃避阿修罗王,他交出了他背后的特殊纹身;黑纲为返回日本国,以他那柄特殊的刀作为代价;为了救回小樱,小狼牺牲了他跟她的“关系性”──即使找回小樱的所有羽毛,小樱也不会记得往日与小狼一起的时光。
就是这样,小狼带着小樱公主,与黑钢、法伊一起,踏上穿梭各个次元的旅程,为了取回小樱的羽毛而作战。
《翼·年代记》的故事中,采用了大量CLAMP过去作品中的人物。在不同的世界里,人物有着不同的生活,不过他们的“根源”(可视为本性、灵魂之类)是相同的;与李连杰电影《最后一强中文维基百科未有最后一强页面,可参考英语维基百科的对应页面The One。》的设定类似。在《CLAMP奇迹》一书中则称这种叫做“明星制度”
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