雨の日にひろしとみさえのもとに可爱らしい赤ちゃんが诞生するシーンからスタート。几つかあった名前の候补から「しんのすけ」と名付け大切に育ててきたひろしとみさえに衝撃が走る。 ――「しんちゃんが、俺たちの子供…じゃない！？」 耳を疑うようなセリフの次に映し出されるのは、ニンジャしんのすけ。屋敷中に现れる谜の忍者军団がしんのすけに袭い掛かるが、ニンジャしんのすけは敌の攻撃の前で见事な体さばきと本格忍法を披露！ と、思いきや「忍法分身の术」ならぬ「分シリの术」で忍者军団を惑わす、いつものおバカパワーも炸裂。 さらに映像には『野原忍法』を駆使する野原一家、そして火を喷くインテリゴリラと妊妇のくノ一「ちよめ」、さらにこちらを覗く谜の少年の姿も。何故しんのすけは忍者になったのか、果たして彼らは何者なのか？ しんのすけは本当にひろしとみさえの子ではなかったのか？ そしてもののけとは一体……。